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【上海 9月7-8日】 生信零基础入门班-数据挖掘与科研绘图

猫头鹰教室 猫头鹰教室 2021-02-21


目前,从现有数据库挖掘数据进行分析是一个热门领域,生信数据挖掘是直接从现有的数据库挖掘数据进行分析,不用做实验就可以得到一篇生信文章所需要的数据,这个听起来就很有诱惑力。

GEO作为生信数据挖掘最常用的公共数据库之一,储存了海量的芯片和二代测序数据。更重要的是,GEO是一个综合性的数据库,除了海量的肿瘤数据外,还包含各种疾病的数据,这对于数据库资源有限的非肿瘤疾病的科研人员来说更是非常宝贵的资源。因此,它就像一座宝藏,等待我们去发掘它的价值,让它发出光芒。

R语言是一件非常实用并且功能强大的科研分析工具,在平时的科研工作中,即使只达到初级水平,它也可以帮助我们处理excel图表数据,做统计分析,还可以快速做出精美的图片,而这需要的可能仅仅是几行代码。与一些软件相比,R语言更加灵活,不需要套用死板的格式。在GEO数据挖掘中,R语言永远是那把最坚韧的利剑。


小张聊科研“数据挖掘与科研绘图实操班”自开班以来,收到了很多好评,很多学员反映这个课带领他们进入了生信分析的大门,并且也已经有学员上过我们的培训班之后发了文章,我们深感欣慰。


我们的理念是,摒弃填鸭式教学方式,授课内容不求多,但求精,减轻学员压力,为学员提供反复练习的机会,两天时间把一件事情做好,让每个学员都能收获满满。


往期培训


课程特点


资深讲师,丰富的项目经验和授课经验;

理论+上机操作,数据挖掘轻松carry;

一次学习终生受用,享受课堂面对面教授;

课上实时与老师交流,有问题当场解决;

内容丰富,数据挖掘与科研绘图合理搭配的精美套餐;

实例操作,让你快速掌握数据挖掘套路。

老师讲课深入浅出,思路清晰易懂,零基础可参加,带您进入生信分析大门;

另外,为了增加学习的互动性和趣味性,增强学员的参与度,并加深对课程内容的理解,现场学员自己从GEO中检索一篇课题相关的GEO数据,所有学员均以此数据进行实战分析,可小组讨论。随后老师会以此数据从下载到得到差异基因的全过程演示一遍。


听完课后我们能达到什么样的程度

1、学会R语言的基本语法

2、学会如何在GEO上检索与我们课题相关的数据

3、如何从GEO上下载我们所需要的数据

4、如何用R语言分析这些数据并作出完成一篇文章所需要的图

5、理清GEO数据挖掘文章的思路,掌握发文套路


配套线上课程

我们的线下课程还包含一套线上课程,对线下课的内容进行扩展和补充,在课后会给大家设置。视频可反复观看,实践表明,上完线下课再学习先上课内容,事半功倍,不怕学不会

课程内容主线

第一天上午:学习R语言基本语法

第一天下午:从GEO下载原始数据并处理

第二天上午:处理后数据纵向扩展

第二天下午:利用处理后数据绘图、介绍文章套路和实战演练

 

主讲人

依凡,小张聊科研团队的资深学术讲师,医生圈的生信达人,具有多年的编程和讲课经验,主讲“数据挖掘与科研绘图实操班”二十余场,深入浅出,广受学员喜爱。

依凡老师近十年从事生物信息学和医学相关研究,致力于医学大数据挖掘和软件开发。参与发表十余篇高分SCI文章,并参与“十二五”、“十三五”、863、973重大项目等多项国家级项目的数据分析工作。

 

适合人群

广大临床/科研工作者,研究生,尤其是零基础学员

 

授课信息

课程表:

第一天  

8:00-9:00

报道,领取资料

9:00-12:00

数据挖掘介绍及R语言基础

数据挖掘与生物信息简介

R语言与数据挖掘

(R语言基本语法、函数、循环、包及实例练习

12:00-13:00  

午休

13:00-17:00

GEO实例练习(From Raw data  to Clean data)

GEO简介与在线分析练习

(芯片基础原理,GEO的组成框架,GEO2R差异基因筛选,聚类热图)

GEO数据下载实例练习

(实际数据下载,FTP批量下载)

Affymetrix芯片数据分析,差异表达分析

随机挑选学员提供的一组数据进行实战分析(小组讨论  + 老师演示)

17:00-17:30

学员提问及讨论

第二天  

9:00-12:00

表达谱数据挖掘实战(From Clean data to Results)

Agilent,  Illumina芯片平台原始数据处理,差异表达分析

数据分析纵向剖析

(层次聚类,主成分分析,功能富集分析,分子网络构建)

12:00-13:00

午休

13:00-17:00

SCI实用绘图技巧(From Results to Artwork)

R语言与统计绘图

(R语言绘图系统介绍,点线图、柱形图、箱线图等常规图形制作,气泡图、火山图制作)

数据挖掘套路解读

(从文献实例出发,剖析生物信息数据挖掘套路,带你轻松发文)

实战演练

(分小组竞赛练习,重现一篇SCI文章的数据分析结果)

17:00-17:30

学员提问及讨论

注:

1、实际授课过程中,老师可能根据进度对课程进行微调

2、请学员自带电脑,mac或者windows系统的笔记本(请勿使用XP系统,推荐win10),老师用win10系统进行讲解。

3、本次课程以R语言为工具,贯穿整个课程。

 

时间:2019年9月7-8日(周六、周日)

地点:上海皇冠晶品酒店(上海市松江区涞亭南路8号1栋A1)

 

注册费(可开发票):

8月31日前

9月1日至6日

现场缴费

3400

3600

3800

二人组团报名,每人可优惠100元

三人组团报名,每人可优惠200元

四人及以上组团报名,每人可优惠300元

注:

1、本次学习班提供两天的午餐,其余食宿费用自理

2、本课程包含配套线上课程“实用数据挖掘”,与线下课程相辅相成,相互补充,作为课后复习的资料,此处为优惠价400元,包含在报名费里面,不需要网课的请与夏洛特说明,可自行选择


报名请联系夏洛特(微信号:xzlky2015-training1),加微信时请注明“姓名+上海数据挖掘


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